AlphaFold Database expands to proteome-scale quaternary structures
该研究通过将 AlphaFold 数据库扩展至涵盖来自 4,777 种生物体的 180 万个高置信度蛋白质复合物，构建了首个大规模蛋白质组级四级结构资源，为解析生物分子相互作用及功能机制提供了基础性数据。
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synthetic biology
68 篇论文
An expedient, biology-laboratory-compatible method for preparing functional perfluoropolyether fluorosurfactants for droplet microfluidics
该研究提出了一种无需酸氯中间体且适用于生物学实验室的简便方法，通过直接羰二亚胺偶联将功能化全氟聚醚（PFPE）与胺基头基结合制备氟表面活性剂，从而降低了生物微流控实验室对商业试剂的依赖并拓展了其在基因组筛选、热循环及蛋白质结晶等应用中的灵活性。
Enhanced tRNA array method version 2 for simultaneous in vitro synthesis of 21 tRNAs
该研究通过识别限制翻译的 tRNA 组并对其进行序列修饰及引入前导序列，成功开发了 tRNA 阵列法 v2，实现了 21 种 tRNA 的高效同步体外合成，使其翻译活性达到与单独制备 tRNA 相当的水平，为构建自复制基因表达系统提供了改进平台。
Light-guided actin polymerization drives directed motility in protocells
该研究通过在大囊泡（GUVs）内实现光控肌动蛋白聚合，成功构建了能够产生定向运动及膜突起的活性原细胞模型，揭示了分支与线性肌动蛋白网络协同驱动膜形变的关键机制。
Transient contractility attenuation reprograms epithelial cells into a protrusion-driven state that drives tissue fluidization
该研究揭示，肌动球蛋白收缩力的瞬时减弱通过重塑细胞形态、力学特性及 ERK 介导的机械转导信号，将上皮细胞重编程为突起驱动的领导样状态，从而促使上皮组织从固态向液态转变。
Modulating Innate Immune Responses to Curli Fibers Through Protein Engineering
该研究通过蛋白质工程改造大肠杆菌 Nissle 1917 产生的卷曲纤维，利用直接受体拮抗策略（而非空间位阻屏蔽）成功将其转化为可编程的免疫调节工具，实现了对 TLR2 介导的先天免疫反应的有效抑制，为工程化益生菌与宿主黏膜免疫系统的相互作用提供了新平台。
Optimization of PURE system composition using automation and active learning
该研究结合自动化液体处理与主动学习框架，通过系统优化 PURE 体系组分，不仅显著提升了单一报告基因及大型合成染色体的蛋白表达效率，还揭示了不同 DNA 浓度及基因背景下优化策略的差异性，从而阐明了基因表达优化的机制并确立了主动学习在探索高维生物系统空间中的高效性。
Improved Biosynthesis of Ethylene Glycol from Xylose in Engineered E. coli Utilizing Two-Stage Dynamic Control
本研究通过在大肠杆菌中构建两阶段动态代谢控制策略，利用竞争性通路阀门和增强 NADPH 通量的调控阀门优化木糖至乙二醇的生物合成，最终在补料分批发酵中实现了 140 g/L 的产量及 92% 的理论产率。
Endogenous intronic RNA tightly controls Cas9/CRISPR-mediated gene editing in human cells
该研究提出了一种利用靶基因内源性内含子 RNA 作为触发器的条件性向导 RNA（intcgRNA），实现了对 Cas9/CRISPR 基因编辑在特定细胞类型中的精准调控，从而有效避免了在非靶细胞中的脱靶效应。
CombinGym: a benchmark platform for machine learning-assisted design of combinatorial protein variants
本文介绍了 CombinGym 基准平台，该平台通过整合 14 个组合突变数据集并评估多种机器学习算法，填补了蛋白质组合突变设计领域的空白，并验证了利用低阶突变数据预测高阶突变性能的有效性，同时提供了交互式网站以促进相关研究与自动化生物制造平台的集成。
Engineering bacterial combinatorial promoters for two-input chemical AND switching
该研究通过系统改造大肠杆菌双输入组合启动子，利用 Marionette 转录因子盒实现了对四种状态的真值表精确控制，筛选出九种稳健的 AND 逻辑开关，并揭示了抑制部分诱导态、确保结构兼容性以及管理长操纵子方向等关键设计原则，从而为构建多输入细菌启动子提供了实用的序列感知设计规则。
Substrate transport limits phenylalanine ammonia-lyase activity in engineered Lacticaseibacillus rhamnosus GG
该研究通过比较不同乳酸菌宿主并引入异源转运蛋白，证实了底物转运限制是工程化鼠李糖乳杆菌 GG 表达苯丙氨酸解氨酶的主要瓶颈，且转运蛋白的过表达可显著提升其治疗苯丙酮尿症的催化活性。
The Cepeda Framework: A Modular, Safety-First Preclinical Architecture for Testing Coordinated Multi-Hallmark Rejuvenation Hypotheses in Biological Aging
该论文提出了“Cepeda 框架”，这是一个经过 21,000 次双验证模拟循环优化的模块化、安全优先的临床前研究方案，旨在通过 3:2:1 的 OCT4:SOX2:KLF4 化学计量比、双重 miRNA 逻辑门控及九层安全防御体系，在确保不诱导多能性的前提下，协调针对衰老 12 大标志物的部分重编程干预策略。
Seven inducible promoters for Zymomonas mobilis
本研究在 Zymomonas mobilis 中系统评估了七种化学诱导型启动子（包括首次表征的四种），证实了它们与 Golden Gate 克隆框架的兼容性，并发现 VanRAM-PvanCC 和 CinRAM-Pcin 是该菌种极具应用潜力的诱导系统。
A genetically encoded local learning rule enables physical learning in engineered bacteria
该研究通过工程化大肠杆菌实现了一种遗传编码的局部学习规则，利用质粒拷贝数比作为模拟权重并在全局负学习信号下通过生长偏倚进行重写，从而在单细胞及多菌株混合培养中成功演示了包括监督学习、逻辑门构建及类人工神经网络架构在内的物理学习过程，为活体物质的自适应计算和下一代细胞疗法奠定了基础。
Multi-lab, Multi-enzyme Study Demonstrates the Versatility of Bacterial Microcompartment Shells as a Modular Platform for Confined Biocatalysis
这项多实验室合作研究证实，基于 SpyCatcher-SpyTag 共价偶联系统的工程化细菌微区室（BMC）壳层是一种通用且模块化的平台，能够高效封装多种酶，在保持甚至增强其热稳定性与储存稳定性的同时，实现多酶路径的有序组装与辅因子循环。
A Toolbox for Biomanufacturing of Functionalised PHA Nanoparticles with C. necator
该研究在*Cupriavidus necator*中构建了一套综合生物制造平台，通过优化遗传工具、筛选 PhaC 合成酶变体、开发共培养工艺以及利用 SpyTag-SpyCatcher 技术进行表面功能化，实现了可定制功能化 PHA 纳米颗粒的高效可持续生产。
Context-dependent determinants of CRISPR-Cas9 editing efficiency revealed through cross-species endogenous editing analysis
该研究通过分析跨物种的内源性编辑数据，揭示了 CRISPR-Cas9 编辑效率受物种特异性竞争位点、局部几何特征及密码子使用偏好等上下文依赖因素的显著影响，从而论证了通用预测模型的局限性，并为开发更具普适性的 gRNA 设计策略提供了关键资源。
WITHDRAWN: Escherichia coli Microcin B17 as a chassis for the development of novel antimicrobial peptides.
该论文因无法确认分离肽的生物活性，且发现原方法中微杆菌素可能与早期工艺使用的抗生素共纯化，故作者已主动撤回并请求不再将其作为参考文献引用。
Improved vector toolkit for genome writing in mammalian cells
本文介绍了一套经过优化和标准化的质粒工具包，旨在通过改进的载体设计、选择系统及配套试剂，简化哺乳动物细胞中利用 mSwAP-In 技术进行大规模基因组写入的复杂流程。